Ganondorf n'apparait pas mais les évènements de The Wind Waker sont racontés au début du jeu.

Ganondorf revient dans le troisième opus de la série Smash Bros. Cette fois son design s'inspire de Twilight Princess. Sa panoplie de coups reste la même :

• Coup spécial normal : Poing Warlock
• Coup spécial côté : Étranglement
• Coup spécial haut : Plongeon sombre
• Coup spécial bas : Pied du sorcier

Seule nouveauté : le smash final intitulé "créature Ganon". Comme dans Twilight Princess Ganondorf se transforme alors en monstre et charge ses adversaires.

Pour le débloquer : Jouez au moins 200 combats en mode Brawl

• Terminez le mode classique avec Zelda ou Link, à un niveau de difficulté difficile ou plus élevé
• Joignez Ganondorf à votre troupe dans l’Emissaire subspatial. Pour cela, sauvegardez Link et Zelda dans L’Emissaire subspatial vers la fin de l’aventure. Ganondorf apparaît une fois que vous avez terminé le stage.

Dans le mode aventure du jeu, l'histoire se déroule dans un monde où cohabitent tous les héros de l'univers Nintendo. Ganondorf fait partie de l'armée subspatiale. C'est l'un des principaux méchants avec Wario et Bowser. Il est au service de la Créa-main mais rêve de plus pouvoir. Il finira transformé en trophée par Tabuu, le boss final, avant d'être sauvé par Link et Zelda.

Dans cet épisode Ganondorf n'apparait pas. L'histoire se déroule un siècle après The Wind Waker et met en scène de nouveaux protagonistes dont le roi des démons Mallard. On remarque un clin d'œil aux Zelda en 2D lorsque Mallard s'empare du corps de Kimado. En effet, sous sa forme finale il ressemble beaucoup à Ganon avec sa couleur bleue et son apparence démoniaque.

Rien de bien nouveau dans cette remake 3DS identique à l'original. On remarque juste qu'un magnifique artwork a été fait pour l’occasion.

Les origines de Ganon sont expliquées par le roi des démons, l'antagoniste de la déesse Hylia. Après avoir récupéré tout ses pouvoirs il prend la forme de l'avatar du néant, l'incarnation du mal absolu. Link parvient à le détruire mais ce dernier lance une malédiction sur lui et Zelda : Il se vengera sur leurs descendants, c'est ainsi que Ganondorf est la réincarnation du roi des démons.