Agahnim apparut en Hyrule alors que le royaume était frappé par une vague de malheurs. Par sa puissante magie il ramena l'ordre. Le bon roi d'Hyrule le récompensa et fit de lui son conseiller. Tout le peuple l'adorait pour ce qu'il avait fait. Mais Agahnim était en réalité animé de mauvaises intentions. Tout ceci n'était qu'une mascarade pour s'emparer du trône. Il trucida le pauvre roi, s'empara du château et fit disparaître une à une les descendantes des sept sages Hyliens, gardiens du sceau qui mène à la Terre d'or.


Agahnim est le serviteur de Ganon qui agit pour lui dans le monde de la lumière c'est à dire Hyrule alors que son maitre se trouve dans le monde des ténèbres. Link l'affrontera 2 fois : la première fois au sommet du donjon du château d'Hyrule et la deuxième fois au sommet de la tour de Ganon. Il finira par être tué mais l'esprit de Ganon s'échappera de son corps sans vie.

Ganon est le méchant principal de cet épisode. Jadis connu sous le nom de Ganondorf ce voleur s'est introduit dans la terre d'or pour dérober la Triforce et en a fait le monde des ténèbres. Il se sert d'Agahnim pour supprimer le sceau qui le retient prisonnier pour conquérir Hyrule.


Le combat final se déroule dans la pyramide des ténèbres. Ganon se sert principalement de son trident pour lancer ses attaques. Il finira par éteindre les torches de la salle pour se rendre invisible. Il faut alors l'achever avec la flèche d'argent comme dans le premier Zelda.





Le duo fonctionne bien et donne de la profondeur à l'histoire, cependant aucun des deux n'a vraiment de personnalité. De plus on ne connait pas vraiment les motivations d'Agahnim qui se contente de servir Ganon (même si cela sera rectifier dans les mangas). Quand à Ganon malgré l'histoire dans le manuel du jeu qui plante le décor, il n'a pas beaucoup évolué depuis le premier Zelda.